Biocatalyse par microfluidique
L’objectif global du projet est de proposer un nouveau mode de production biocatalytique basé en flux continu et combinant macro et micro-fluidique. Il s’agit de développer un procédé de biocatalyse impliquant des bioréacteurs fluidiques capables d’assurer une biotransformation en mode continu, grâce à des enzymes ou des cellules immobilisées. Ce procédé sera optimisé pour d’une part améliorer l’efficacité de réactions enzymatiques et d’autre part obtenir des capacités importantes de production. Deux types d’enzymes seront étudiées, les nitrilases et les cétoreductases.
D'abord, le ou la candidat(e) sera chargé(e) de la recherche d’enzymes robustes pour les réactions cibles et du criblage sur les substrats définis. Il ou elle sera chargée de la mise au point des conditions réactionnelles en enzymes isolées et cellules entières et de la détermination des cinétiques apparentes. Ensuite, il/elle sera chargé(e) de la mise en place des conditions de fonctionnement de la biocatalyse et de l'immobilisation du biocatalyseur dans des réacteurs continus polyvalents.
Ce sujet est réalisé entre deux départements du CEA (Direction de la Recherche Fondamentale/IBFJ/Genoscope à Evry et Direction de la Recherche Technologique/Leti à Grenoble).
Le ou la candidat(e) travaillera en binôme avec un(e) étudiant(e) en thèse sur la conception du réacteur biocatalytique et la mise à l'échelle du processus biocatalytique.
Mesure de nématiques cellulaires actifs par microscopie sans lentille
Au CEA-Leti, nous avons validé une plateforme de vidéo-microscopie sans lentille vidéo en enregistrant des milliers d’heures de cultures cellulaires. Et nous avons développé différents algorithmes pour étudier les fonctions cellulaires majeures, à savoir l’adhésion, la motilité, la division cellulaire et la mort cellulaire.
Le projet de recherche du post-doc est d’étendre l’analyse des ensembles de données produites par la microscopie vidéo sans lentille. Le post-doc assistera notre partenaire dans la conduite des expérimentations et développera les algorithmes nécessaires pour reconstruire les images de la culture cellulaire dans différentes conditions. En particulier, les algorithmes de reconstruction holographique devront être à même de quantifier sur des échantillons cellulaires la différence de chemin optique (c’est-à-dire l’indice de réfraction multiplié par l’épaisseur). Les algorithmes existants permettent de quantifier les cellules isolées. Ils seront développés et évalués pour quantifier la formation de l’empilement cellulaire dans les trois dimensions. Ces algorithmes n’auront aucune capacité de sectionnement en Z comme par exemple la microscopie confocale, seule l’épaisseur du chemin optique sera mesurée
Nous recherchons des personnes ayant obtenu un doctorat en traitement d’images et / ou en deep learning avec des compétences dans le domaine de la microscopie appliquée à la biologie.
Développement d’un algorithme de traitement d’images dédié à l’analyse d’acquisitions en microscopie défocalisée de culture cellulaires
Au CEA-Leti, nous avons validé une plateforme de vidéo-microscopie sans lentille vidéo en enregistrant des milliers d’heures de cultures cellulaires. Et nous avons développé différents algorithmes pour étudier les fonctions cellulaires majeures, à savoir l’adhésion, la motilité, la division cellulaire et la mort cellulaire.
Le sujet de recherche du post-doctorant portera sur l’analyse des jeux de données produits par vidéo-microscopie sans lentille. L’objectif sera d’étudier un algorithme temps-réel de suivi de trajectoires des cellules pour suivre chaque cellule et pour tracer différents événements de la cellule en fonction du temps. Les recherches porteront donc sur des algorithmes de segmentation et de suivi de trajectoires qui devront dépasser les performances des algorithmes de l’état de l’art du domaine.
En particulier, les algorithmes devront obtenir des performances supérieures en termes de mesures biologiques et d’utilisabilité. Cela nous permettra de surpasser la méthodologie de pointe qui est optimisée pour les performances intrinsèques des algorithmes de suivi cellulaire et de segmentation cellulaire, mais échoue à extraire les caractéristiques biologiques importantes (durée du cycle cellulaire, lignage cellulaire, etc.).
Dans ce but, les algorithmes étudiés devront tenir compte du contenu spatio-temporel dans sa globalité et des algorithmes de classification des cellules par apprentissage (single vector machine, deep learning, etc.). Ce sujet s’adresse à des personnes ayant réalisé un doctorat en traitement d’image. Des connaissances dans le domaine de la microscopie appliquée à la biologie seraient appréciées.
Développement d’un microscope bimodal Brillouin-Raman pour la caractérisation des tissus biologiques
Le Laboratoire d’Imagerie et des Systèmes d’Acquisition (LISA) et le Laboratoire de Physique du Cytosquelette (LPCV) du CEA Grenoble proposent un projet pour mettre en place et caractériser une nouvelle modalité d’imagerie biologique combinant la spectroscopie Brillouin à la spectroscopie Raman. Il s’agit d’un projet interdisciplinaire entre instrumentation et biologie. La spectroscopie Brillouin permet la mesure non-invasive des propriétés visco-élastiques des cellules et tissus à l’échelle micrométrique, tandis que la spectroscopie Raman donne une information biochimique complémentaire. Ces mesures ont des applications dans l’étude de l’organisation du cytosquelette, et pour de nouveaux outils de diagnostique basés sur la détection précoce des altérations mécaniques et biochimiques des tissus.
Le postdoc sera responsable du développement et du couplage du spectromètre Brillouin au microscope Raman du LISA. Cela inclut le développement du système optique, le pilotage de l’instrument, et l’analyse des données. Il/Elle caractérisera l’instrument sur des systèmes reconstitués préparés au LPCV, puis s’attachera à des mesures in-cellulo. Le candidat retenu coordonnera les travaux entre le LPCV et le LISA.
Encapsulation cellulaire par microfluidique
Le Laboratoire de Biologie et microfluidique architecture est à la recherche d’ un candidat pour établir une nouvelle classe de dispositifs microfluidiques pour l’encapsulation des cellules en utilisant des matériaux robustes , industrie - compatible. Le laboratoire est situé dans les microtechnologies pour la biologie et la division santé de LETI , axés sur le développement des micro et nanotechnologies pour les applications dans les domaines de l’imagerie médicale , de sécurité , de diagnostic in vitro , la nanomédecine , des dispositifs médicaux et surveillance de l’environnement . LETI est une institution de recherche axé sur la création de valeur et l’innovation par le transfert de technologie à ses partenaires industriels . Elle est spécialisée dans les nanotechnologies et leurs applications , des appareils et des systèmes sans fil , à la biologie , de la santé et de la photonique .
Immunociblage de nanoparticules organiques pour des applications cliniques
Dans le but de proposer une thérapie efficace du lymphome à cellules de manteau en onco-hématologie, le projet proposera une nouvelle thérapie ciblée à base de complexes pluri-moléculaires combinant différentes entités que sont : (1) des principes actifs thérapeutiques (PA), (2) les anticorps monoclonaux (Ac Mo) comme agent de ciblage, et (3) des vecteurs lipidiques, les Lipidots®, comme agent de vectorisation. La vectorisation implique la plateforme Lipidot®, basée sur des nanoparticules lipidiques développées au CEA-Léti depuis 2005. Il s’agira alors de façonner ces nanoparticules lipidiques, en vue de les rendre immunociblantes et transportant des agents thérapeutiques toxiques. Des drogues cytotoxiques seront encapsulées dans les nanoparticules et une optimisation du taux de charge obtenu sera effectuée en fonction des paramètres constitutifs des Lipidots® comme la composition en acides gras, la viscosité du cœur, la rigidité de la membrane externe, et le diamètre du vecteur. La trinité Lipidots/Drogue/Anticorps sera caractérisée d’un point de vue stabilité colloïdale et affinité de liaison biologique.
Cytométrie par imagerie sans lentille
La microscopie résulte toujours d’un compromis entre champ observé et résolution spatiale. Et depuis vingt ans, les développements de la microscopie se sont concentrés sur la réalisation de la super-résolution qui atteint aujourd’hui des résolutions limite de 10 nm mais ceci sur des champs de seulement quelque µm2. A l’opposé, depuis quelques années, la nouvelle imagerie sans lentille se concentre sur l’obtention d’images grand champ de plusieurs mm2 mais avec une résolution de 0,5 à 3 µm, ce qui reste suffisant pour un grand nombre d’applications. Ceci permet, par exemple, d’observer simultanément des milliers de cellules et de fournir une statistique inégalée .
Au CEA-LETI, une nouvelle plateforme microscopique basé sur ce principe a été développée. Son application dans le domaine du suivi des cultures cellulaires 2D a été démontré. Il est maintenant possible de suivre en continu différent paramêtres des cellules, à savoir l’adhésion cellule-substrat, les dimensions des cellules, le nombre de divisions cellulaires, la migration cellulaire, la différenciation cellulaire et la mort cellulaire. Le nouveau projet consistera à élaborer une nouvelle méthode de cytométrie basée sur l’utilisation de l’imagerie sans lentille et ce dans le but de permettre une analyse haut débit d’échantillons de cellules flottantes. Le post-doctorant développera l’instrumentation et les méthodes et mènera l’expérimentation et l’analyse de vrais échantillons biologiques.