Vers une meilleure compréhension des protéines membranaires grâce à l’IA
Malgré les avancées spectaculaires de l'intelligence artificielle (IA), notamment avec des outils tels qu’AlphaFold, la prédiction des structures des protéines membranaires demeure un défi majeur en biologie structurale. Ces protéines, qui représentent 30% du protéome et 60% des cibles thérapeutiques, sont encore largement sous-représentées dans la Protein Data Bank (PDB), avec seulement 3% de structures résolues. Cette rareté s’explique par la difficulté à maintenir leur état natif dans un environnement amphiphile, ce qui complique leur étude, notamment avec les techniques structurales classiques.
Ce projet de thèse a pour objectif de lever ces obstacles en combinant les capacités prédictives d'AlphaFold avec des données expérimentales de diffusion aux petits angles (SAXS/SANS), obtenues en condition physiologique. L’étude se concentrera sur la protéine translocatrice TSPO, un marqueur clé en neuro-imagerie de plusieurs pathologies graves (cancers, maladies neurodégénératives) en raison de sa forte affinité pour divers ligands pharmacologiques.
Ce travail s’articulera autour de la prédiction de la structure de TSPO en présence et en absence de ligands, de l’acquisition de données SAXS/SANS du complexe TSPO/amphiphiles et de l’affinement des modèles grâce à des outils de modélisation avancée (MolPlay, Chai-1) et des simulations de dynamique moléculaire. En approfondissant la compréhension de la structure et de la fonction de TSPO, ce projet pourrait conduire à la conception de nouveaux ligands pour le diagnostic et la thérapie.
Fabrication de membranes nanocomposites plasmoniques pour la détection de biomolécules
La détection de certaines biomolécules en faibles quantités constiue bien souvent un défi. Récemment, les nanomatériaux ont permis d’obtenir de nouveaux matériaux aux propriétés optiques permettant de répondre à un telle problématique, en particulier les nanomatériaux plasmoniques.
Dans ce projet, nous proposons la synthèse d’un type particulier de nanocomposites obtenus par l’insertion de nanoparticules (NPs) plasmoniques au sein de membranes polymères formées par track-etching. Le contrôle de la réponse plasmonique sera effectué grâce au contrôle précis de la synthèse in situ des NPs directement dans les nanopores de la membrane, en utilisant des méthodes chimiques et physico-chimiques. En particulier, la réduction in situ des précurseurs métalliques par irradiation (faisceau d’électrons, rayons ?) sera étudiée. Des faisceaux ionisants (ions lourds accélérés) serviront aussi à structurer la matrice polymère sous forme de membrane, avec une porosité contrôlée. Les relations entre les paramètres structuraux du composite et ses propriétés optiques seront étudiées avec rigueur, afin de déterminer le matériau idéal pour la détection de biomolécules, qui sera testé sur des molécules modèles telles que des protéines ou des particules-modèles de virus, dans la partie finale du projet.
Etude des processus électroniques dans les LEDs nitrures par microscopie d’électro-émission
Les LEDs à base de nitrures sont aujourd’hui universellement utilisées pour l’éclairage basse consommation. Elles sont extrêmement efficaces à faible teneur en indium et à faible densité de courant, ce qui permet de réaliser les LEDs blanches commerciales à partir d’une LED bleue et d’un phosphore qui absorbe le bleu et réémet un spectre large dans le visible. Cependant, les LEDs nitrures souffrent d’une chute d’efficacité drastique à plus forte densité de courant et à plus forte concentration en indium, pour une émission dans le vert ou le rouge. Cela est un frein à l’extension de leur utilisation, pour obtenir des meilleures efficacités avec moins de matériau ainsi qu’un meilleur rendu de couleur. Ces chutes d’efficacité sont en partie dues à une augmentation des processus Auger-Meitner à trois particules, qui sont fortement impactés par les hétérogénéités locales du dispositif, et peuvent être réduites par une ingénierie spécifiques des défauts structurels des matériaux nitrures. Cette thèse propose d’étudier les processus électroniques dans des LEDs nitrures in operando, grâce à la microscopie d’électro-émission. En particulier, les mécanismes d’injections des charges dans la partie active des LEDs ainsi que les processus Auger-Meitner seront investigués et quantifiés. La résolution spatiale de la technique permettra de caractériser le rôle des hétérogénéités (défauts ou désordre d’alliage) sur les processus de pertes.
Etude expérimentale des couches limites en convection turbulente par spectroscopie d'ondes multi-diffusées.
La convection turbulente est un des principaux moteurs des écoulements géophysiques et astrophysiques et est donc un élément clef de la modélisation du climat. Elle intervient aussi dans de nombreux écoulements industriels. L'efficacité du transport est souvent limitée par des couches limites dont la nature et les transitions en fonction des paramètres de contrôle sont mal connues.
Le but de cette thèse sera de mettre en place d’une expérience de convection pour sonder le taux de dissipation dans les couches limites dans le régime turbulent grâce à une technique innovante développée dans l’équipe : la spectroscopie d’ondes multi-diffusées.
Corrosion sous contrainte du verre : régions de vitesses élevées de propagation de fissure sous critique
Les verres d’oxydes sont utilisés dans un grande variété d’applications industrielles en raison de leurs multiples propriétés avantageuses : transparence optique, bonnes propriétés mécaniques et thermiques, durabilité chimique, biocompatibilité et bioactivité. Cependant, un inconvénient majeur de ces verres est leur fragilité. La fracture dynamique du verre (vitesse de propagation de fissure ~km/s, comme dans le cas d’un verre tombant par terre et se brisant) en est un exemple bien connu. Il existe également un autre mode de fracture prépondérant et plus lent (10e-11 à 10e2 m/s). La vitesse de propagation de ces fissures sous-critiques est pilotée par la contrainte locale ressentie en pointe de fissure, appelée facteur d’intensité de contraintes et dépend des conditions environnementales, incluant l’humidité de l’air et la température.
Actuellement, notre dispositif expérimental permet de suivre la position du front de fissure au cours du temps grâce à un microscope tubulaire doté d’une caméra. Le traitement des images acquises permet de déterminer la vitesse du front de fissure et révèle la limite environnementale et la région I. Cependant, capturer les régions II et III n'est pas possible avec le dispositif actuel. Plusieurs raisons concourent à cette limitation : la vitesse élevée du front de fissure (10e-4 to 1500 m/s), la taille de l'échantillon (5×5×25 mm^3), la vitesse d’acquisition des caméras, etc.
Notre équipe a utilisé la technique de la chute de potentiel pour évaluer la vitesse du front de fissure lorsque v > 10e-4 m/s dans le PMMA. Cette méthode consiste à déposer une série de bandes conductrices parallèles à la surface d’un échantillon et d’utiliser un oscilloscope (haute fréquence) pour identifier quand le front de fissure sectionne les bandes conductrices ce qui conduit à un saut dans la résistance électrique. Nous souhaitons maintenant adapter cette technique aux échantillons DCDC de verres d'oxyde. L'objectif de la thèse est de développer et d’appliquer cette technique de chute de potentiel aux échantillons DCDC. Le défi est d’accéder aux variations fines de la vitesse de fissuration avec des résolutions en espaces et en temps de l’ordre de 50 microns et de la nanoseconde. L'étudiant en thèse participera à toutes les étapes de la réalisation des expériences : conception et dépôt des bandes conductrices parallèles sur la surface de l’échantillon en verre en utilisant une salle blanche, réalisation d'expériences de corrosion sous contraintes (CSC) dans les Régions II et III, et analyse des données acquises pendant l'expérience de CSC.
Matériaux topologiques et altermagnétiques: quelle puissance peut-on tirer de l’effet Hall anomal ?
L’argument majeur pour favoriser le développement de l’électronique de spin ainsi que des matériaux topologiques est la faible puissance dissipée lorsque l’on utilise les degrés de liberté de spin et les configurations transverses de type configuration de Hall. En effet, dans le cas d’une phase topologique, on s’attend à ce que le champ magnétique effectif généré ne dissipe pas. Une telle assertion doit cependant faire l’objet d’une description théorique dans le cadre d’un dispositifs électronique réaliste en régime stationnaire. Le but de la thèse est de déterminer la puissance utile de ces dispositifs, dans un étude à la fois expérimentale et théorique.
Dans ce contexte, la définition de la puissance utile est un problème ouvert. En effet, la thermodynamique de ce type de systèmes hors équilibre met en jeu des effets croisés entre les degrés de liberté des porteurs de charges électriques, ceux du spin de ces porteurs, ainsi que ceux de l’aimantation. Les effets croisés hors équilibre sont décrits de façon très générale par les fameuses relations de réciprocité d’Onsager. Nous avons développé une méthode variationnelle permettant d’établir l’état stationnaire d’une barre de Hall et la puissance dissipée dans un circuit de charge, en fonction de la résistance de charge et de l’angle de Hall. Un résultat inattendu prédit l’existence d’un maximum (« maximum power transfer theorem »). Des mesures préliminaires sur la base de l’effet Hall anomal ont récemment validé la prédiction. Cette confirmation expérimentale nous permet d’établir un projet de thèse qui a pour ambition de reproduire les mesures sur un vaste ensemble de matériaux (métaux, semiconducteurs, oxides) et en particulier des matériaux topologiques magnétiques, dit altermagnétiques.
En outre, une étude en résonance ferromagnétique (dit de pompage de spin) mettra en jeu des effets du type thermoélectriques, dont les propriétés dissipatives, mesurées sur un circuit de charge adjacent, restent à déterminer.
Peut-on prédire la météo ou le climat?
D'après l'expérience de chacun, prévoir le temps de manière fiable à plus de quelques jours semble être une tâche impossible pour nos meilleures agences météorologiques. Pourtant, nous connaissons tous des exemples de "dictons météorologiques" qui permettent à de vieux sages de prédire le temps qu'il fera demain sans résoudre les équations du mouvement, et parfois mieux que les prévisions officielles. À plus long terme, les modèles climatiques ont permis de prédire assez précisément la variation de la température moyenne de la Terre due aux émissions de CO2 sur une période de 50 ans.
À la fin des années 50 et 60, Lewis Fry Richardson, puis Edward Lorenz ont jeté les bases de la résolution de cette énigme, en s'appuyant sur des observations, des arguments phénoménologiques et des modèles d'ordre inférieur.
Les progrès actuels des mathématiques, de la physique des turbulences et des données d'observation permettent aujourd'hui d'aller au-delà de l'intuition et de tester la validité de l'effet papillon dans l'atmosphère et le climat. Pour cela, nous utiliserons de nouveaux outils théoriques et mathématiques et de nouvelles simulations numériques basées sur la projection des équations du mouvement sur une grille exponentielle permettant d'obtenir des valeurs réalistes/géophysiques des paramètres, à un coût modéré de calcul et de stockage.
L'objectif de ce doctorat est de mettre en œuvre les nouveaux outils sur des observations réelles de cartes météorologiques, afin d'essayer de détecter l'effet papillon sur des données réelles. À plus long terme, l'objectif sera d'étudier l'hypothèse de "l'universalité statistique", de comprendre si et comment l'effet papillon conduit à des statistiques universelles qui peuvent être utilisées pour les prévisions climatiques, et si nous pouvons espérer construire de nouveaux « dictons météorologiques » en utilisant l'apprentissage automatique, permettant de prédire le climat ou le temps sans résoudre les équations.
Recherche d’oxydes nanostructurés pour la capture du CO2 assistée par robot de synthèse et intelligence artificielle.
L’avènement des synthèses robotisées assistées par intelligence artificielle ouvre des perspectives innombrables pour la découverte de nouveaux nanomatériaux, tout en posant la question de valider correctement ces approches. Le but de cette thèse est de découvrir de nouveaux oxydes nanostructurés pour rendre la capture et la séquestration du CO2 efficace énergiquement. Il s'agira donc de 1) confirmer ou infirmer que la méthode de préparation automatisée (robot mélangeur couplée à une plateforme de caractérisation par diffusion des rayons X et analyse de gaz) est une approche représentative des méthodes de préparation standard, ou si l’automatisation est une nouvelle approche préparative indépendante des méthodes standard, et 2) confirmer ou infirmer que l’exploration du vaste espace de paramètres (nature des oxydes, agents nanostructurants, lois d’injection) permet de dépasser les performances des meilleurs matériaux actuels.
Films minces d’oxynitrures ferroélectriques perovskite à propriétés modulables
Les oxynitrures constituent une classe de composés en plein essor présentant un large panel de propriétés exploitables, en particulier pour les nouvelles technologies de production d'énergie décarbonées. En effet, l'insertion d'azote dans le réseau cristallin d'un oxyde semiconducteur permet en principe de moduler la valeur de sa bande interdite ou d’y introduire des états électroniques additionnels et ainsi d'obtenir de nouvelles fonctionnalités et propriétés optiques. La production de films minces monocristallins d’oxynitrure, est cependant un défi important. Dans ce travail de thèse essentiellement expérimental, des films minces d’oxynitrures seront élaborés par épitaxie par jets moléculaires assistée de plasma atomique. On démarrera à partir du BaTiO3, dont la synthèse est bien maitrisée au laboratoire, pour réaliser des co-dopages d’azote et de métaux compensateurs de manière à conserver la neutralité de la maille élémentaire. Les structures résultantes seront caractérisées quant à leurs compositions chimiques, structures cristallines et propriétés ferroélectriques. Ces observations seront corrélées à leurs performance pour la photo-électrolyse de l’eau, qui permet de produire de l’hydrogène de manière vertueuse. Enfin, la tenue à la corrosion de ces nouveaux matériaux sera aussi étudiée.
Le (la) candidate abordera un vaste ensemble de techniques d’ultra-vide, la croissance par épitaxie par jets moléculaires, la lithographie en salle blanche, des mesures ferroélectriques et de photo-électrolyse de l’eau, ainsi qu’un large panel de méthodes de caractérisations basées sur l’exploitation des centres rayonnement synchrotron les plus avancés.
Dispositifs pérovskite pour la production d'hydrogène solaire
La thèse de doctorat fait partie du projet européen ICARUS, qui vise à développer des systèmes efficaces de conversion de l'énergie solaire pour un avenir neutre en carbone. Le projet se concentre sur l'intégration de la séparation de l'eau par voie photoélectrochimique (PEC) et de la production d'énergie photovoltaïque (PV).
Principaux objectifs :
- Développer des cellules solaires pérovskites innovantes à base d'halogénures métalliques avec des bandes interdites accordables pour une plus grande absorption de la lumière.
- Optimiser les cellules solaires imprimées à base de carbone et les échafaudages pour améliorer la conductivité, la résistance mécanique et la durabilité.
- Incorporer des contre-électrodes de carbone innovantes dans les dispositifs pérovskites.
- Augmenter l'échelle et fabriquer des modules solaires.
- Intégrer les modules développés dans un prototype PEC final.
Axes de recherche :
Le candidat au doctorat se concentrera principalement sur :
- Cellules solaires imprimées à base de carbone : Optimisation des propriétés de l'encre, étude du comportement de l'encre conductrice imprimée dans diverses conditions et caractérisation de la conductivité et de la résistance mécanique.
- Dispositifs pérovskites : Incorporation de contre-électrodes innovantes en carbone et évaluation de leurs performances et de leur stabilité.
- Fabrication de modules : Mise à l'échelle et fabrication de modules solaires basés sur les technologies développées.
- Intégration du prototype PEC : Contribuer à l'intégration finale du prototype PEC.
Résultats attendus :
La recherche devrait contribuer au développement de systèmes de conversion de l'énergie solaire hautement efficaces et durables, favorisant la transition vers un avenir neutre en carbone. Les résultats auront des implications pour la recherche universitaire et les applications industrielles.