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Caractérisation multi-omique pour la recherche de nouvelles signatures moléculaires prédictives d'infection respiratoire

Génomique, protéomique Physiopathologie Sciences du vivant

Résumé du sujet

Le défaut du régulateur de la conductance transmembranaire de la mucoviscidose (CFTR) est l'agent causal de la mucoviscidose. En améliorant la fonction de la protéine CFTR défectueuse, les nouveaux modulateurs CFTR représentent une avancée significative dans la gestion de la maladie. Cependant, ces petites molécules ne restaurent pas l'expression de CFTR à un niveau normal et le traitement est à vie. De plus, il existe une variabilité de réponse entre les patients susceptibles de bénéficier de ces traitements. Afin de comprendre la dynamique des microorganismes de l’appareil respiratoire des patients atteints de mucoviscidose et leur impact sur l’efficacité de la thérapie, en collaboration avec le CRCM de Montpellier et avec le support de l’association « Vaincre la Mucoviscidose », nous analysons le profil moléculaire par multi-omiques d'échantillons d'expectorations prélevés longitudinalement chez des patients débutant la nouvelle trithérapie Trikafta. Cette méthodologie permet une analyse poussée de la réponse de l’hôte et l'établissement des communautés microbiennes, tant en termes de structure taxonomique que de traits fonctionnels. A ce jour, alors que de nouveaux patients continuent d'être recrutés, la collecte de sputum est terminée pour 81 patients (5 points temporels, soit 405 échantillons déjà collectés). Dans ce cadre, l'objectif de la thèse de doctorat est d’analyser et d’intégrer les données multi-omiques et les paramètres cliniques associés pour identifier des prédicteurs (nature des signaux de spectrométrie, leurs intensités, et leur combinatoire) de l'efficacité du traitement et des infections respiratoires. Les signatures moléculaires prédictives potentielles seront confirmées à partir d’une cohorte spécifique de validation via des approches ciblées. En plus de contribuer à une meilleure compréhension des effets de la modulation de la fonction CFTR sur la physiologie des voies respiratoires de la mucoviscidose, en stimulant la découverte et la validation de biomarqueurs pour prédire l'efficacité de la thérapie et les infections respiratoires, ce projet de thèse ambitieux fournira des informations essentielles pour optimiser et personnaliser le traitement des patients atteints de mucoviscidose.

Laboratoire

Institut des sciences du vivant Frédéric JOLIOT
Service de Pharmacologie et Immunoanalyse
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