Cette thèse a pour objectif de mettre en place un suivi multiparamétrique par imagerie médicale à la fois de la colonisation d’un pathogène donné suite à une infection mais également de la dynamique des réponses immunitaires associées à cette infection, le tout à l’échelle de l’organisme entier. Cela pourrait fournir un outil innovant et non invasif permettant de mieux comprendre les liens entre la dynamique dans le temps et dans l’espace des réponses immunitaires et la bio-distribution du pathogène dans l’organisme, et potentiellement fournir de nouveaux biomarqueurs associés à différentes maladies.
Pour ce faire, cette thèse s’appuierait sur la pathologie de la tuberculose qui représente un enjeu majeur de santé publique à ce jour dans le monde. L'objectif principal est de déterminer la relation entre la dissémination de Mycobacterium tuberculosis et les réponses immunitaires associées à travers tout le corps au cours de l'infection tuberculeuse, de l'infection précoce à la tuberculose latente ou active, grâce à des protocoles d'imagerie multiplexée innovants. Le but de cette étude est de fournir des corrélations dans le temps et dans l'espace entre la charge bactérienne locale et plusieurs infiltrations de cellules immunitaires (macrophages activés et sous-ensembles de lymphocytes T) survenant après l'infection et détectées au fil du temps par imagerie. Ces résultats pourraient alors fournir, avec une invasivité minimale, des biomarqueurs prédictifs de la progression de la maladie et pourraient également offrir des informations précieuses sur les cibles immunitaires potentielles pour de futures stratégies préventives ou curatives basées sur la modulation du système immunitaire. Pour ce faire, cette thèse tirerait parti du modèle préclinique de tuberculose chez le primate non humain développé en France et de notre expertise en imagerie in vivo des pathogènes et des cellules immunitaires dans ce modèle. Il est à noter que la caractérisation plus approfondie des cellules immunitaires dans les échantillons d'intérêt (guidés par imagerie) sera évalué par des technologies de transcriptomique spatiale ou unicellulaire sur des échantillons de tissus, afin de fournir des informations supplémentaires sur la physiopathologie de la tuberculose et l'efficacité des traitements potentiels.